اثرات مصرف کودهای شیمیایی بر محیط زیست مصرف آب آلوده به ترکیبات نیتراته در انسان و دام باعث بروز عوارض سوء در سلامتی می‌شود. نیترات زیاد در آب باعث سقط جنین و کاهش تولید شیر در دام‌ها شده و در انسان مخصوصا در نوزادان، رشد را تحت تأثیر قرار می‌دهد. تجمع ترکیبات ازته در گیاه یک پدیدة طبیعی بوده و هنگامی رخ می‌دهد که عرضة این ترکیبات به گیاه بیشتر از کاهش یا مصرف آن در اثر جذب و تحلیل باشد. مقدار تجمع ترکیبات ازته در گیاه بوسیلة عوامل محیطی، مدیریت کوددهی و عملیات زراعی تغییر می‌کند.
استفاده بی‌رویه کشاورزان از کودهای شیمیایی فسفاته موجب تجمع ترکیبات آن و همچنین فلزات سنگین مانند کادمیوم، آرسنیک، اورانیم و بور در خاک شده است. کادمیوم یکی از مهمترین آلاینده‌ها در طبیعت به شمار می‌آید. تراکم این عنصر در بدن انسان نخست باعث آسیب به کلیه‌ها و کبد می‌شود و همینطور به سایر اندام‌های بدن نیز صدمه می‌زند. در اغلب اراضی زراعی، تجمع فسفر موجب بروز مشکلاتی در جذب عناصر کم مصرف می‌شود. علاوه بر آن، شستشوی فسفر به آب‌های زیرزمینی و راکد موجب خسارات جبران ناپذیر اکوسیستمی می‌شود به طوری که آلودگی فسفر و فلزات سنگین همراه آن به عنوان یک خطر زیست محیطی در دهه‌های اخیر جلب توجه بوم شناسان جهان را نموده است
به طور کلی امروزه با توجه به مشکلاتی که مصرف بی‌رویه کودهای شیمیایی بوجود آورده است، استفاده از کودهای آلی و زیستی به عنوان فرآورده‌های دوستدار طبیعت و کمک کننده به کشاورزان برای حل کردن مشکلات آن‌ها و تولید محصولات سالم، مورد توجه قرار گرفته است. بدون تردید کاربرد کودهای آلی و زیستی علاوه بر اثرات مثبتی که بر کلیه خصوصیات خاک دارد، از جنبه های اقتصادی، زیست‌محیطی و اجتماعی نیز مثمر ثمر واقع شده و به عنوان جایگزینی مناسب و مطلوب برای کودهای شیمیایی جایگاه خود را پیدا کرده است.